इशरत जहां एनकाउंटर मामले में जहां मुठभेड़ से जुड़ी महत्वपूर्ण फाइलें गायब हो जाने के बाद जहाँ सरकार हर तरफ से घिरती नज़र आ रही थी वहीँ गम फाइलों की पड़ताल करने के लिए बनायीं गई एसआईटी पर भी गवाहों को सच्ची झूठी गवाहियां देने के लिए तैयार करने की बात सामने आ रही है।
हाल ही में एक अंग्रेजी अखबार ने दवा करते हुए कहा है कि एसआईटी के प्रमुख बी.के. प्रसाद जहाँ गवाहों को यह बता रहे थे कि उनसे क्या सवाल पूछे जाएंगे वहीँ उन्हें उन सवालों के जवाब भी रटा रहे थे। इन्हीं सवाल-जवाबों की ट्रेनिंग के दौरान एसआईटी के प्रमुख बी.के. प्रसाद ने एक गवाह को कहा: “मेरे को ये पूछना है कि आपने ये पेपर देखा? आपको कहना है कि मैंने ये पेपर नहीं देखा..सीधी सी बात है।“
हालाँकि बी.के. प्रसाद ने अपने ऊपर लगे इन आरोपों को सिरे से खारिज किया है और कहा है कि मामले की जांच के दौरान वह जिस किसी को भी फोन करते थे तो वो लोग डर जाते थे कि उनसे क्या पूछताछ होगी? वो डरें नहीं इसलिए मैंने एक अधिकारी को कहा कि ‘आपने उस समय फाइल देखी है, अगर नहीं देखा तो बता देना और अगर देखा तो भी बता देना।’