हत्या के मामले में अपराध दृश्य और जांच के पहले 48 घंटे महत्वपूर्ण हैं। अधिकांश राज्यों में homicides को संभालने के लिए एक विशेष शाखा या अपराध शाखा है। घटनाओं के सामान्य पाठ्यक्रम में, गुजरात अपराध शाखा ने तुरंत गृह मंत्री की हत्या में जांच ले ली होगी। पंड्या के मुकदमे के दौरान, अभियोजन पक्ष ने तर्क दिया कि चूंकि केंद्रीय और राज्य सरकारों ने सीबीआई को मामला सौंपने के लिए पहले दिन फैसला किया था, इसलिए अपराध शाखा शामिल नहीं थी। इसने आगे तर्क दिया कि, पहले 48 घंटों के लिए, जांच एलिसब्रिज पुलिस स्टेशन के एक वरिष्ठ पुलिस निरीक्षक द्वारा की गई थी, जिसका नाम वाईए था। शेख।
शेख के आदेश पर एक मोबाइल फोरेंसिक टीम ने कार की जांच की, उसे रक्त का कोई निशान नहीं मिला, बंदूक शॉट अवशेष या कार को किसी भी तरह का नुकसान मिला। सीबीआई ने इस रिपोर्ट का अध्ययन नहीं किया था या पीएम निष्कर्षों से इसका मिलान नहीं किया था, क्योंकि इसके जांच अधिकारी ने अदालत में स्पष्ट रूप से भर्ती कराया था। मुकदमे के दौरान, शेख ने दो कार्यों की सेवा की। उन्होंने अपराध के दृश्य से गुम होने वाले सभी सबूतों की ज़िम्मेदारी ली या स्पष्ट अक्षमता के कारण कभी एकत्र नहीं किया गया। और वह गिरने वाला व्यक्ति था जिसका काम यह था कि वह हर दूसरे पुलिसकर्मी के नाम को सुनवाई से बाहर रखना था। एकमात्र समस्या यह थी कि शेख अपराध के दृश्य में पहला पुलिस नहीं था। वह अपराध के दृश्य में पांचवां पुलिस भी नहीं था। असल में, जब वह जांच की रक्षा के लिए शानदार रूप से उभरा और पूरे दो दिनों के स्वामित्व को लिया, तो उसे किसी भी समय के लिए अपराध दृश्य में खुद को रखने के लिए कड़ी मेहनत करनी पड़ी। इसके बजाए, तत्कालीन अपराध शाखा डीएसपी डीजी वानजारा स्पष्ट रूप से दो स्थानों पर पहचाना जाता है। एक पोस्ट-मॉर्टम कमरे के अंदर है।
दूसरा अपराध दृश्य में ही है।भारतीय पुलिस मैनुअल में अपराध दृश्य को संभालने के तरीके पर बहुत विस्तृत निर्देश हैं। जांचकर्ताओं को विशेष रूप से प्रशिक्षित किया जाता है, इस पर समय-समय पर परीक्षण किया जाता है और उन्हें अपने आधिकारिक मोटरों में जांच किट लेना पड़ता है। अपराध दृश्य जांच सिर्फ फिल्मों के लिए नहीं है – यह बहुत असली है, और यदि भारतीय जांचकर्ता इसे गड़बड़ करते हैं, तो वे कभी-कभी किसी कारण से ऐसा करते हैं।
जबकि शेख पंद्य के अंतिम संस्कार के लिए उभरे वीआईपी के लिए सुरक्षा का आयोजन कर रहे थे – तब तत्कालीन उप प्रधान मंत्री एलके सहित। आडवाणी – एक अपराध शाखा फोटोग्राफर ने अनजाने में अपराध दृश्य में वानजाड़ा की तस्वीर ली। तस्वीर ने शेख को शब्दों के लिए झुका दिया जब उन्हें पार परीक्षा में सामना करना पड़ा। लेकिन उस दिन कार से सबूत का एक महत्वपूर्ण टुकड़ा कभी नहीं लिया गया – फिंगरप्रिंट। पांड्या के फोन पर एक और कॉल लॉग था। इससे कोई चूक नहीं हुई, हालांकि हर सुबह उसे फोन कर रहा था। तीसरी चीज जो गायब हो गई थी वह मृत व्यक्ति का जूते था जो सुबह की सैर के लिए बाहर आया था। हरेन पांड्या के पोस्ट-मॉर्टम के दौरान कमरे में वानजाारा भी मौजूद था। उनके लिए उचित होने के लिए, ऐसे कई अन्य लोग थे जिनके पास कोई व्यवसाय नहीं था। हालांकि, यह वानजाड़ा था जो लगातार अंदर और बाहर था। प्रत्येक बार पंड्या के शरीर से गोली मार दी गई थी, वंजारा उभरा होगा और उंगलियों को पकड़कर संख्या के बारे में प्रेस को संकेत देगा। आखिरी बार जब वह बाहर आया तो वह पांच की गिनती पर था। फिर भी, सात चोटें थीं, और कम से कम छह प्रवेश घाव (संभवतः सात) थे। शरीर में और कार में कोई भी नहीं, केवल पांच गोलियां पाई गईं।