समझौता एक्सप्रेस धमाकें में शामिल असीमानंद ने आर एस एस के चीफ मोहन भागवत पर इलज़ाम लगाया हैं। ‘कैरावन मैगजीन’ को दिये इंटरव्यू में असीमानंद ने दावा किया है कि मुस्लिम इलाकों में जो भी धमाके हुए हैं, उसकी मंजूरी आर एस एस चीफ मोहन भागवत ने दी थी।
मुस्लिम इलाकों में धमाकों को हरी झंडी देने के मामले में असीमानंद ने मोहन भागवत के साथ आर एस एस के इंद्रेश कुमार का भी नाम लिया है। ‘कैरावन मैगजीन’ के लिए असीमानंद का इंटरव्यू लीना गीता रघुनाथ ने किया है। रघुनाथ ने असीमानंद से चार इंटरव्यू किये जिसमें यह दावा किया गया है।
मैगजीन ने इंटरव्यू का ऑडियो भी जारी कर दिया। दूसरी तरफ आर एस एस ने इन इलज़ामत से इनकार किया है। संघ ने कहा कि जो ऑडियो जारी किया गया है वह फर्जी है।
असीमानंद पर साल 2006 से 2008 के बीच समझौता एक्सप्रेस धमाका (फ़बरोरी 2007), हैदराबाद मक्का मस्जिद धमाका (मई 2007), अजमेर दरगाह (अक्टूबर 2007) और मालेगांव में दो धमाके (सितंबर 2006 और सितंबर 2008) के इलज़ाम हैं। इन धमाकों में कुल 119 लोग मारे गए थे।