अलीगढ़ मुसलिम यूनिवर्सिटी (एएमयू) अल्पसंख्यक संस्थान नहीं है आरएसएस ने जोर इस पर जोर देते हुए कहा है कि यूनिवर्सिटी अनुसूचित जाति, अनुसूचित जनजाति और अन्य पिछड़ा वर्गों के लिए आरक्षण की नीति लागू न कर बड़ा अपराध कर रहा है। आरएसएस के जनरल सेक्रेटरी कृष्ण गोपाल का कहना है कि एएमयू के अल्पंसख्यक संस्थान के दर्जे पर बीजेपी का रुख 1968 में आए सुप्रीम कोर्ट के एक आदेश के मुताबिक है। गोपाल ने कहा, ‘केंद्र का रुख बिलकुल वैसा है जो मौलाना आजाद,एमसी छागला, सैयद नुरूल हसन का तब था। हमने फैसले को नहीं बदला, यूपीए ने 2005 में ऐसा किया था। केंद्र सरकार ने कोई नया फैसला नहीं लिया है। उन्होंने वहीं फैसला लिया जो 1968 में सुप्रीम कोर्ट के पांच न्यायाधीशों की एक पीठ ने दिया था। जिसमें डॉ बाबा साहब आंबेडकर, मौलाना आजाद और कई मुसलिम नेता शामिल थे।’