2007 में मक्का मस्जिद विस्फोट मामले में राष्ट्रीय जांच एजेंसी के अभियुक्त के खिलाफ मुकदमा चलाया जा रहा है। अभियुक्तों को साक्ष्य की इच्छा के लिए छोड़ दिया गया है!
आतंकवादी हमलों के अन्य एनआईए मामले, जिसमें आरोपी राईट विंग हिंदू संगठनों का था, 2007 समझौता एक्सप्रेस के विस्फोट और 2008 मालेगांव विस्फोटों में से भी एक ही भाग्य के लिए जा रहे थे, गवाहों को एक दूसरे के बाद शत्रुतापूर्ण बनाते हुए और आरोपी ने अपनी गवाही को पहले ही सबूत के तौर पर ले लिया था। इन घटनाओं से दो अनिवार्यता उभर आए हैं।
पहला, एनआईए को अपराधियों को खोजने के लिए एक जांच शुरू करनी चाहिए, अगर जिनके खिलाफ उन्होंने अपने मूल आरोपों को दबाया था, वे दोषी नहीं पाए जाते हैं। दो, इसे पेशेवर और स्वतंत्र रूप से काम करने में सक्षम होने के लिए राजनीतिक दबाव से पृथक होना चाहिए।
देश के विभिन्न हिस्सों में आतंकवादी हमलों की एक श्रृंखला के बाद राज्य की सीमाओं से अनजान होने की मांग के बाद, सामान्य पुलिस एजेंसियों को बाधित कर दिया गया था, देश भर में आतंकवाद की जांच के लिए एक विशेष एजेंसी के रूप में पिछली यूपीए सरकार ने एनआईए का गठन किया था। एजेंसी पर राजनीतिक प्रभाव के दो संभावित परिदृश्य हैं।
एक, जब उसने विस्फोटों की जांच की और हिंदू संगठनों के उन हमलों और उनके खिलाफ आरोपों के आयोजन के लिए जिम्मेदार अधिकारियों के मिश्रित कार्यकर्ताओं को मिला, यह दिन की सरकार से राजनीतिक दबाव में काम कर रहा था। मौजूदा एनडीए सरकार पिछले राजनीतिक पूर्वाग्रहों के प्राकृतिक उलट होने के बाद एनआईए अभियोजन पक्ष के मामले को लगातार सुलझाने का प्रयास करेगी।