2008 में हुए बटला हाउस एनकाउंटर के लिए जामिया मिल्लिया इस्लामिया को आतंकवादियों की पनाहगाह बताने वाले पीएम मोदी को इसी यूनिवर्सिटी की तरफ से होने वाले सालाना डिग्री वितरण समारोह का न्योता मिला है। यूनिवर्सिटी के वाईस चांसलर तलत अहमद ने इस खबर की हामी भरी है और यह भी कहा है की अभी तक उन्हें पीएमओ से कोई जवाब हासिल नहीं हुआ है ।
स्टूडेंट्स की नाराज़गी की वजह मोदी का 2008 में हुए बटला हाउस एनकाउंटर को लेकर यूनिवर्सिटी को आतंकियों की पनाहगाह बताना है। मोदी ने एक भाषण के दौरान कहा था- “ .. यह देश कभी माफ़ नहीं करेगा.. दिल्ली में जो आतंकवादी पकडे गए हैं, कल दिल्ली की एक यूनिवर्सिटी; जामिया मिल्लिया यूनिवर्सिटी ने घोषणा की है कि इस आतंकवादियों की रक्षा करने के लिए कोर्ट का मुक़दमा जामिया मिल्लिया यूनिवर्सिटी लड़ेगी और ख़र्च यूनिवर्सिटी करेगी। अरे डूब मारो डूब मारो, हिंदुस्तान की जनता के पैसे से जामिया मिल्लिया यूनिवर्सिटी चलती रही है और यूनिवर्सिटी यह जरुरत दिखाए की वह वकील करेंगे… “