पठानकोट हमले में जैश-ए-मुहम्मद के हेड मौलाना मसूद अजहर को पाकिस्तान ने क्लीन चिट देते हुए कहा है कि पिछले महीने हुए हमलो में इसका हाथ होने के कोई सबूत नही मिले है। पाकिस्तान के प्रधानमंत्री नवाज़ शरीफ ने हमलो की जांच के लिए 6 मेम्ब्री कमेटी बनाई थी। जिसकी जांच के अनुसार पता चला है कि न ही अज़हर ने इसकी प्लानिंग बनाई थी और उसका न ही कोई हाथ था।
भारत की खुफिआ एजेंसियों ने अपनी रिपोर्ट में बताया था कि इस हमले में जैश-ए-मुहम्मद का हाथ था और आतंकी दक्षिण पंजाब के बहावलपुर के रास्ते भारत में आये थे। इस बात का खुलासा हमला करने आये आतंकियों के मोबाइल से पाकिस्तान में बैठे मास्टरमाइंड से हुई बातचीत से किया था और इस बातचीत का ब्यौरा भारत ने पाकिस्तान को भी दिया था। भारत से कोई और सबूत मिलने पर पाकिस्तान अपने जांच कमेटी को भारत भी भेज सकता है