गुजरात के गोधरा में जमियत उलेमा ए हिंद कांफ्रेंस के दौरान स्वामी अग्निवेश ने भाजपा सरकार पर हमला बोलते हुए कहा,’ वे भारत माता की जय कहने या न कहने के आधार पर हमें सर्टिफिकेट देना चाहते हैं। हमें भारत माता की जय क्यों कहना चाहिए। आप किस बात की जय कह रहे हैं। माल्या की जय। एक शराब व्यापारी जो देश का हजारों करोड़ रुपया खा गया और भाग गया। वित्त मंत्री अरुण जेटली और पीएम मोदी मोदी विजय माल्या के 9000 करोड़ रुपये के लोन को लेकर क्या सोच रहे थे। उस पर देशद्रोह का केस क्यों नहीं लगाया गया। उसे क्यों देश विरोधी नहीं कहा गया।
आप एक जेएनयू छात्र नेता कन्हैया कुमार पर देशद्रोह का मामला दर्ज करते हो। इस देश में हो क्या रहा है।’ उन्होंने गोधरा में साबरमती ट्रेन में आग लगने का मामला उठाते हुए कहा,’रिटायर्ड जज जस्टिस बीआर कृष्ण अयर की अध्यक्षता में बनी कमिटी ने कहा था कि आग बाहर से नहीं लगी थी। इस आपदा के पीछे जिन लोगों का हाथ हैं उन पर मामला दर्ज किया जाना चाहिए।’ बता दें कि साबरमती ट्रेन में आग लगने के बाद ही गोधरा दंगे हुए थे।