शनिवार की सुबह सुबह साढ़े नौ बजे सीबीआई और सेंट्रल फॉरेंसिक साइंस लेबोरेटरी (सीएफएसएल) की 20 सदस्यीय टीम मुजफ्फरपुर पहुंची। टीम ने साहू रोड स्थित बालिका गृह के चप्पे-चप्पे की तलाशी ली। परिसर को अपने कब्जे में लेकर खंगालना शुरू किया। सीबीआई के डीआईजी अभय कुमार, एसपी जेपी मिश्रा और फॉरेंसिक टीम के वरीय अधिकारी सबसे पहले वहां गये जहां लड़कियों को रखा जाता था। फॉरेंसिक टीम ने सभी कमरों के कोने-कोने से नमूना संग्रह किया। बालिका गृह के सभी कमरों और परिसर की लंबाई-चौड़ाई मापी।
आधिकारिक सूत्रों के मुताबिक दो भवनों को जोड़कर बालिका गृह बनाया गया है। बालिका गृह के अंदर रहस्यमयी तरीके से चार सीढ़ियों का निर्माण किया गया है। सभी सीढ़ियां एक-दूसरे से जुड़कर बालिका गृह वाले तीसरे मंजिल पर पहुंचती हैं। सूत्रों के मुताबिक एक बार सीबीआई व फॉरेंसिक टीम भी धोखा खा गई कि वह किस सीढ़ी से चढ़ी थी और किस सीढ़ी से उतरी। टीम ने चारों सीढ़ी की लंबाई-चौड़ाई मापी। जांच के शुरुआती दौर में जिला पुलिस द्वारा जब्त की गई सामग्री (दवाई और कपड़े) को अपने कब्जे में लिया। सीबीआई टीम ने शनिवार की शाम इस मामले में मुख्य आरोपित ब्रजेश ठाकुर के पुत्र राहुल आनंद को हिरासत में ले लिया था। मगर कई घंटे की पूछताछ के बाद शनिवार देर रात छोड़ दिया।