सुनील राठी का उत्तराखंड की जेलों में भी पूरा दबदबा रहा है। गढ़वाल के पौड़ी, हरिद्वार और रुड़की जेल के अलावा देहरादून जेल में रहते हुए राठी ने मोबाइल फोन का इस्तेमाल किया और अपना नेटवर्क चलाता रहा। इतना ही नहीं राठी को जेल में सुविधाएं भी दी गई, जिस कारण जेल के कई अधिकारियों पर गाज भी गिरी।
सुनील राठी उत्तर प्रदेश से ज्यादा उत्तराखंड की जेलों में रहा है। गढ़वाल की हरिद्वार, पौड़ी रुड़की और देहरादून जेल में राठी ने काफी वक्त बिताया है। आरोप है कि पौड़ी जेल में रहते हुए वर्ष 2014 में हुई रुड़की उप कारागार के बाहर गैंगवार राठी ने ही कराई। पौड़ी की जेल से लगातार राठी देहरादून जेल में बंद अमित भूरा के संपर्क में रहा। रुड़की जेल में रहते हुए सोशल मीडिया पर सुनील राठी की फोटो खूब वायरल हुई और फेसबुक पर राठी ने रुड़की जेल के अंदर कारागार की फोटो भी अपलोड की।
हरिद्वार जेल से राठी ने रंगदारी मांगी और वर्ष 2017 में हरिद्वार जेल में रहते हुए राठी ने जेल के अंदर मच्छी पार्टी का आयोजन कराया। एक बंद कमरे में महिला से मुलाकात की। महिला ने पुलिस को बताया कि राठी पिछले छह माह से उससे मोबाइल फोन पर बात कर रहा था, जबकि राठी हरिद्वार जेल में बंद था। राठी के कारण ही हरिद्वार जेल अधीक्षक एसके सुखीजा को निलंबित किया गया था। इसके अलावा पौड़ी जेल के कई कर्मियों पर भी कार्रवाई हुई थी।