इतिहासकार रोमिला थापर के अनुसार राजपूत शाही परिवारों ने मुगल कुलीन के साथ परस्पर विवाह किया। निजी संबंधों के अलावा महल की रस्म एक से अधिक परंपराओं को दर्शाती थी। राजपूतों या अन्य उच्च जाति हिंदू, जैसे कि ब्राह्मणों और कायस्थों ने अक्सर मुगल प्रशासन के अधिक जिम्मेदार स्तरों का आश्रय किया था।
मुगल सेना, जिसने हल्दीघाटी की लड़ाई में राणा प्रताप को हराया था, को राजपूतों द्वारा आज्ञा दी गई थी। मुगल शासन के दौरान हिंदुओं को जबरन इस्लाम कुबूलने के लिए मजबूर किया गया था, शायद नहीं। क्योंकि मुस्लिम आबादी का प्रतिशत पूर्व-विभाजित भारत में भी अल्पसंख्यक बना रहा।
यह संभवतः हो सकता है क्योंकि हिंदुओं को हमेशा कन्वर्ट करने के लिए मजबूर नहीं किया गया था। यह कहना कि राजनीतिक स्तर पर कोई टकराव नहीं था, लेकिन यह दावा करने में उलझन में नहीं होनी चाहिए कि मुगलकाल के अंत में हिन्दू विरोध को लेकर हिंदुओं का भारी उत्पीड़न हुआ। समय की राजनीति के संदर्भ में राजनीतिक संबंधों की जांच होनी चाहिए। नियमित प्रकार के संघर्षों को स्पष्ट रूप से स्थानीय और अधिक आकस्मिक रूप से माना जाता है जितना मान लिया गया है।
सामान्य रूप से समुदायों के बीच संबंध कुछ टकराव से नियंत्रित होते हैं। यह भी याद रखना कि भारत में धर्म से संबंधित टकराव एक ऐसे समय में वापस आ जाता है जब इस्लाम एक धर्म के रूप में अस्तित्व में नहीं आया था। आज भी बौद्ध धर्म और जैन धर्म को हमेशा हिंदुत्व कहते हैं, उसका एक हिस्सा रहा है और इसलिए उनके और हिंदू धर्म के बीच कोई विवाद नहीं था।
लेकिन उनकी शिक्षाएं अलग-अलग थीं क्योंकि वे स्थापित सामाजिक संस्थाएं थीं, उदाहरण के लिए बौद्धों और जैनों के मठवासी आदेश विशेष रूप से। अतीत में जो ब्राह्मणों का धर्म और श्रमणों का धर्म कहा गया था, उनमें से दुश्मनी के संदर्भ हैं। राष्ट्रीयता या समान भावना के नाम पर संस्कृति के विनाश की समस्या भी है।
यह आम तौर पर एक व्यवस्थित, जानबूझकर, संस्कृति का एक प्रमुख पहलू का विनाश होता है, ताकि एक बयान और ध्यान आकर्षित किया जा सके। यह अनिवार्य रूप से एक राजनीतिक कृत्य है और वास्तव में भावना के साथ कुछ नहीं कर सकता है।